في 9 الى 11 سبتمبر 2019 انخرط وفد الحكومة الانتقالية برئاسة الفريق محمد حمدان دقلو (حميدتي) في أول لقاء للحكومة الانتقالية مع الجماعات المسلحة للتوصل الى اتفاق اطاري يحكم سير مفاوضات السلام، و تم في يوم 11 سبتمبر 2019م التوقيع على إعلان جوبا لقضايا ما قبل السلام ، مع الفصائل المنضوية تحت الجبهة الثورية والحركة الشعبية ـ شمال جناح الحلو (كل على حدا).

تلى ذلك إصدار المجلس السيادي الانتقالي في 13 أكتوبر 2019م، قرارا بتشكيل مجلس أعلى ومفوضية للسلام؛ وأسندت رئاسة المجلس الأعلى للسلام للفريق البرهان، رئيس مجلس السيادة وعضوية أعضاء المجلس السيادي، و رئيس الوزراء، وزير مجلس الوزراء، وزير العدل ووزير الحكم المحلي إلى جانب ثلاث خبراء من ذوي الصلة. فيما تم اختيار البروفيسور سليمان محمد الدبيلو لرئاسة مفوضية السلام. و كذلك أصدر رئيس مجلس السيادة الانتقالي السوداني، عبد الفتاح البرهان، يوم الأربعاء الموافق 16 أكتوبر 2019، مرسومًا دستوريًا بوقف إطلاق النار في كل أنحاء البلاد. في ٤ مارس 2020م أصدر المجلس الاعلى للسلام قرارا بالرقم (١٩٢) الخاص بإضافة أعضاء آخرون للمجلس الأعلى للسلام من مكونات الحرية والتغيير والمجتمع المدني.

تواصلت مباحثات السلام بموجب إعلان جوبا الى ما ان توصلت الى اتفاق نهائي في 3 أكتوبر 2020م.

وعلى اثر توقيع الاتفاق مع فصائل الجبهة الثورية، بعثت الجبهة الثورية وفد مقدمة في 17 أغسطس 2020م، يتكون من بعض قيادات فصائلها للخرطوم للبدء في ترتيبات تنفيذ الاتفاقية. حتى الآن لا تزال إجراءات تنفيذ الاتفاقية تراوح مكانها ما بين الشروع في تشكيل الحكومة الجديدة و المجلس التشريعي القومي.

اجمالا، ان وعد تحقيق السلام بمخاطبة جذور الحرب، تم حوله اتخاذ سلسلة من الإجراءات على النحو التالي: وقف إطلاق نار شامل لم يتم إنجازه بنسبة 100%، وقد شهد بعض الخروقات في منطقتي خور الورل بجنوب كردفان و شرق جبل مرة بجنوب دارفور. أيضا تحت هذا الوعد بدأ تشكيل مفوضية للسلام ولا تزال علمية تكملة هياكلها قيد التنفيذ. اضافة الى ذلك تم توقيع اتفاق السلام، بينما بدأت عملية التنفيذ انطلاقا من تعديل الوثيقة الدستورية. وتم تاخير اعادة تشكيل هياكل الدولة (3 نوفمبر 2020م) حسب الجدول الزمن لتنفيذ اتفاق جوبا.

بعد مفاوضات استمرت لأكثر من عام بعاصمة دولة جنوب السودان ـ جوبا، بين الحكومة السودانية وعدد من الحركات المسلحة المنضوية تحت إسم الجبهة الثورية: (حركة تحرير السودان/مناوي، حركة العدل والمساواة/ جبريل، الحركة الشعبية شمال/ مالك عقار، تجمع قوى التحرير/ الطاهر حجر، حركة تحرير السودان/المجلس الانتقالي، التحالف السوداني، بجانب حركة كوش، مسار الوسط، مسار الشمال ومسار الشرق)، في غياب فصيلين رئيسيين هما الحركة الشعبية شمال بقيادة عبد العزيز الحلو، وحركة تحرير السودان بقيادة عبدالواحد نور؛ تم التوقيع النهائي لاتفاق السلام، يوم السبت الموافق 03 أكتوبر 2020م. تضمنت الإتفاقية 8 بروتوكولات؛ العدالة الانتقالية،  التعويضات وجبر الضرر، ملكية الأرض، تنمية قطاع المراعي والرعي، تقاسم السلطة، عودة اللاجئين والنازحين، الترتيبات الأمنية، إعادة توزيع الثروات والحقوق الاقتصادية.

وفي 18 أكتوبر 2020م أعلن مجلسي السيادة و الوزراء رسمياً، اعتماد دمج “اتفاق جوبا للسلام” الموقع بين الحكومة الانتقالية والحركات المسلحة، في الوثيقة الدستورية الحاكمة، لتأتي بإضافة ثلاثة مقاعد للمجلس السيادي، وبذلك يكون مجلس السيادة، وفقاً للتعديلات الجديدة، يتكون من 14 عضواً. وقد طالت التعديلات، مجلس الوزراء، على أن يتضمن نسبة 25%من أطراف العملية السلمية الموقعة على اتفاق جوبا. حسب جداول تنفيذ الإتفاق كان من المفترض تشكيل الحكومة في 3 نوفمبر إلا أنها لم تتشكل حتى الآن.

في 12 نوفمبر 2020م أصدر الفريق أول ركن عبد الفتاح البرهان رئيس مجلس السيادة قراراً بالعفو العام عن جميع حملة السلاح أو من شاركوا في أي من العمليات العسكرية او الحربية أو ساهم بأي فعل او قول يتصل بالعمليات القتالية.

أصدر رئيس المجلس السيادي الإنتقالي ـ بتاريخ ٣ ديسمبر قرارا بالرقم (٥١١) لسنة ٢٠٢٠م يقضي بتشكيل مجلس شركاء الفترة الانتقالية، استند القرار على المادة (٨٠) من الوثيقة الدستورية المعدلة بموجب إتفاقية جوبا. يتكون مجلس الشركاء من أطراف الاتفاق السياسي في الوثيقة الدستورية (المكون العسكري ومكونات قوى الحرية والتغيير)، رئيس الوزراء، وأطراف العملية السلمية الموقعة على اتفاق جوبا للسلام. في ذات الوقت، أبدى رئيس الوزراء بعض التحفظات على تشكيل مجلس شركاء الفترة الانتقالية. في 4 ديسمبر ٢٠٢٠م. طوت المكونات خلافاتها حول تشكيل مجلس الشركاء بإجراء بعض التعديلات بخصوص صلاحيات المجلس؛ من ثم عقد المجلس عدد من الاجتماعات  برئاسة الفريق البرهان رئيس مجلس السيادة.

تحت الوعد (تحقيق السلام بمخاطبة جذور الحرب) تم إصدار عدد من القرارات والإجراءات، تمثلت في تعديل الوثيقة الدستورية، قرار العفو عن جميع حاملي السلاح، إضافة إلى قرار تشكيل مجلس شركاء الفترة الانتقالية. اجمالا هذا بدأ تنفيذ هذا الوعد ولم يكتمل بعد.